Фамилия Пакушев образовалась по самой распространённой в русской ономастике модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Пакушев буквально значит «сын (или потомок) Пакуша». Основа здесь — Пакуш, и её происхождение неочевидно, что и делает фамилию интересной для разбора.

Самая вероятная версия связывает Пакуша с диалектным словом «пакуша» — так в некоторых говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, называли паука. Прозвище Паук или Пакуш могли дать человеку за внешность (длинные руки, сутулость, неторопливость) или за характер — вязкий, цепкий, невыносимый в общении. Фамилии от названий насекомых и паукообразных встречаются нечасто, но известны: Пауков, Клопов, Жуков. Пакушев стоит в том же ряду, но с более редкой диалектной основой.

Менее вероятная, но допустимая версия выводит Пакуша из уменьшительной формы крестильного имени. В православных святцах есть имя Пахомий (от греческого «широкоплечий»), в народе оно превращалось в Пахом, а затем в Пахуш или Пакуш — через чередование «х/к». Такое переосмысление встречается в фамилиях Пахомов и Пахушев. Однако для Пакушева это лишь гипотеза, так как форма «Пакуш» не фиксируется в старых документах как самостоятельное имя.

Географически фамилия Пакушев редкая, её следы ведут в основном в центральные и волжские регионы России. В ревизских сказках и переписях XIX века носители этой фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами — то есть людьми, не имевшими дворянского статуса. Это косвенно подтверждает бытовое, прозвищное происхождение: фамилию дали не по знатному роду, а по характерной черте предка.

Таким образом, Пакушев — фамилия с прозрачной, но нешаблонной этимологией. Её носитель, скорее всего, потомок человека, которого в деревне прозвали Пакуш за сходство с пауком или за неуступчивый нрав. Альтернативная версия с именем Пахомий менее обоснована, но полностью исключать её нельзя из-за возможной утраты промежуточных форм в письменных источниках.