Фамилия Пакуш — редкий пример, где фамилия образована напрямую от прозвища без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она относится к так называемым «усечённым» или «чистым» фамилиям, которые закрепились в той же форме, что и исходное слово. Чаще всего такие фамилии встречаются на западе и юге России, в Беларуси и на Украине, где влияние польской и украинской ономастики сильнее.

Основа фамилии — прозвище «Пакуш». Его происхождение, скорее всего, связано с глаголом «пакшить» или «покушать» в диалектном значении. В южнорусских и белорусских говорах «пакша» — это левша, человек, который всё делает левой рукой. Прозвище могли дать человеку с такой особенностью. Вторая, менее вероятная версия — от слова «пакуша» как варианта «покус», то есть укус, закуска. Но лингвистически версия с «левшой» выглядит убедительнее, поскольку фамилии с корнем «пакш-» (Пакуш, Пакшин, Пакшаев) фиксируются именно в тех регионах, где слово «пакша» в значении «левша» было в ходу.

По модели образования фамилия Пакуш стоит в одном ряду с такими же «короткими» фамилиями, как Коваль, Гончар, Бондарь. Разница в том, что Коваль и Гончар — это названия ремёсел, а Пакуш — прозвище по физической или поведенческой черте. В документах XIX века носители фамилии встречаются преимущественно среди крестьян и мещан Могилёвской, Витебской и Смоленской губерний. Аристократической ветви у Пакушей не было — это фамилия простонародная, что типично для прозвищ, которые не переделывали в притяжательную форму.

Ударение в фамилии чаще всего ставят на последний слог: Паку́ш. Встречается и вариант Па́куш, но он менее характерен для русской и белорусской традиции. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником из западных областей, а прозвище ему дали за то, что он был левшой.