Фамилия Пакуев — редкий пример, где суффикс -ев не указывает на славянское происхождение основы. В русских фамилиях -ев обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или -й (Андреев, Тимофеев), но здесь корень «Паку-» явно иноязычный. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или кавказского корня, русифицированная при помощи фамильного форманта.

Самая вероятная версия — связь с тюркским именем или прозвищем «Паку» (или «Бакы»). В тюркских языках «бак/пак» может означать «смотреть», «взгляд», а также «крепкий», «прочный». В осетинском языке есть имя «Пакъу» — возможно, от «пакъуы» (чистый, честный). Если носитель фамилии — потомок выходца с Северного Кавказа или из Поволжья, исходное прозвище могло характеризовать либо внешность (зоркий, с пристальным взглядом), либо нрав (надежный, неподкупный).

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с арабским «баки» (вечный, бессмертный). Через тюркское посредничество это имя могло попасть в русскую среду, где оглушилось начальное «б» до «п» (как в фамилиях Пашаев, Пакин). Тогда фамилия Пакуев восходит к личному имени Баки — с суффиксом -ев, добавленным по аналогии с русскими патронимами.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским и кавказским влиянием: её фиксируют в Чечне, Ингушетии, Дагестане, а также среди татар и башкир. Встречается она и в казачьих станицах Терека — здесь её могли получить потомки горцев, перешедших на русскую службу. В центральной России фамилия крайне редка, что подтверждает её региональный характер.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), Пакуев сохраняет исходную форму корня без усечения. Это подсказывает, что основа воспринималась как полное имя или прозвище, а не как уменьшительная форма. Социально предки Пакуевых — скорее всего, не крепостные крестьяне, а вольные горцы или служилые люди (казаки, толмачи), принявшие православие и русифицировавшие фамилию.