Фамилия Пабуев восходит к прозвищу Пабуй, которое восходит к карельскому слову pabu - «бобы, зерно (семя)». Согласно этому, можно предположить, что прозвище Пабуем прозвали человека, который любил питаться бобами или занимался их выращиванием. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пабуй, со временем получил фамилию Пабуев.