Фамилия Пабула — редкий случай, когда географический ареал бытования почти наверняка подсказывает происхождение, а не наоборот. Она встречается у эстонцев и в регионах России, граничащих с Эстонией или исторически связанных с Прибалтикой. Поэтому первая и самая прямая версия — фамилия восходит к эстонскому слову «pabul», которое переводится как «горох». В таком случае прозвище или именование по роду занятий могло получить либо человек, выращивавший горох, либо торговец им, либо, в переносном смысле, невысокий, круглолицый человек.

Однако слово «pabul» в эстонских диалектах имеет и второе, менее известное значение — «пуговица». Это делает фамилию возможным прозвищем портного или человека, торговавшего галантереей. Оба варианта — «горох» и «пуговица» — равноправны по лингвистической логике, и без точного знания о первом носителе выбрать между ними нельзя.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на нерусское происхождение. Окончание -а характерно для эстонских фамилий, которые часто представляют собой чистую основу существительного без дополнительных формантов. В русском языке такая фамилия склоняется как существительное женского рода, хотя носителем может быть и мужчина (Иван Пабула, нет Ивана Пабулы).

Встречается также вариант написания с двумя «б» — Паббула. Он может быть результатом опечатки в документах или, реже, отражать диалектное произношение с удвоением согласного. Оба варианта следует считать одной фамилией.

Сведений о принадлежности Пабула к дворянскому сословию или о её фиксации в старинных родословных книгах нет. Это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в XIX веке в ходе массового присвоения фамилий прибалтийским крестьянам. Таким образом, предки носителя фамилии Пабула с высокой вероятностью были эстонскими крестьянами, а их прозвище было связано либо с горохом, либо с пуговицами — в любом случае, с чем-то мелким и круглым.