Фамилия Пагула — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано не с русским, а с финно-угорским или прибалтийским субстратом, что делает её типичной для северо-запада России, Карелии или Приладожья.

Словообразовательная модель здесь необычна: в русских фамилиях редко встречается окончание -ула, указывающее на имя или прозвище в чистом виде, без патронимического суффикса (-ов, -ин). Это прямое прозвище, которое не успело обрасти типовым суффиксом, либо калька с вепсского или карельского. В вепсском языке, например, «pagula» или близкие формы означают «крикун», «горлопан» или «болтун» — от глагола «pagista» (говорить, болтать). В карельском «pagu» — «шум», «крик». Таким образом, прозвище Пагула могли дать человеку шумному, говорливому или вспыльчивому.

Вторая, менее вероятная версия — связь с эстонским «pagulane» (беженец, изгнанник). В этом случае прозвище могло закрепиться за переселенцем или человеком, покинувшим родные места. Однако фонетически форма «Пагула» ближе к вепсскому корню, чем к эстонскому слову, которое в русском языке скорее дало бы фамилию Пагулян или Пагулов.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Пагулы сосредоточены в Ленинградской области и Карелии, что подтверждает гипотезу о финно-угорском происхождении. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется в дворянских родословных — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде прибалтийско-финских народов, постепенно ассимилированных русским населением.