Фамилия Пагуба — редкий случай, когда прозвище стало родовым именем почти без изменений. В русских фамилиях на -а, -я обычно указывают на украинское, белорусское или южнорусское происхождение (сравните: Шуба, Голота, Нелюба). Пагуба стоит в том же ряду: суффикса нет, окончание -а — женского рода, но фамилия, разумеется, могла принадлежать и мужчине. Такая модель типична для прозвищ, которые «застыли» в именительном падеже.

Корень слова — «пагуб-», родственный глаголу «погубить» и существительному «гибель». В древнерусском языке «пагуба» означала «беда, уничтожение, погибель». Прозвище Пагуба могли дать человеку с тяжёлой судьбой, тому, кто пережил разорение или потерю, либо, наоборот, — насмешливо, за склонность к неудачам и «порче» дел. Встречалась и ироническая номинация: так могли окрестить неудачника или человека, который сам «приносил пагубу» — например, сварливого или невезучего соседа.

Географически фамилия редкая. По данным современных списков, Пагуба встречается в основном на западе России и в Беларуси. В Смоленской, Брянской областях и на Гомельщине прозвища с негативной окраской были обычным делом — их давали для «оберега»: считалось, что плохое имя отпугнёт злых духов. Поэтому Пагуба могла быть и охранительным именем, а не только обидным ярлыком.

В ономастике аналогов немного. Сравните фамилии Бедило, Горе, Злоба — все они образованы от абстрактных понятий с отрицательным смыслом. Унбегаун в своих работах отмечал, что такие «прозвищные» фамилии без суффиксов — древнейший пласт, они часто старше фамилий на -ов и -ин. Пагуба, скорее всего, закрепилась в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по уличным прозвищам.

Известных носителей с этой фамилией в истории почти нет — она не попала в дворянские родословные книги. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая сохранилась в глубинке. Если вы встретили Пагубу в своём роду, скорее всего, предки жили на западе России или в восточной Беларуси, а прозвище досталось от человека, которого в деревне помнили как «пагубного» — то ли неудачливого, то ли, наоборот, слишком бойкого на язык.