Фамилия Пабута — редкий случай, когда происхождение не лежит на поверхности. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Окончание -а указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме родительного падежа или притяжательного прилагательного, либо же вовсе не славянского корня.

Вероятнее всего, фамилия Пабута имеет балтское происхождение. В литовском и латышском языках есть основа «pabūti» — «побыть», «пробыть какое-то время». От неё могло образоваться прозвище Pabūta, которое закрепилось за человеком, который где-то временно жил, был пришлым или, наоборот, за тем, кто «засиделся» в гостях. Суффикс -ут- (-ut-) в балтских языках часто образует уменьшительные или прозвищные формы, так что Пабута могло быть и ласкательным обращением. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается в Литве и на западе Беларуси, где исторически сильны балтские языковые влияния.

Вторая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть как искажение польского слова «pabut» (пробуждение) или как вариант фамилии Пабуда (от «pabudzić» — разбудить). Однако отсутствие характерного польского суффикса -ский или -ович делает эту гипотезу слабой. Скорее всего, перед нами редкий случай прямой транслитерации балтского прозвища, которое не переосмысливалось в русской среде, а просто записалось на слух.

Таким образом, предки человека с фамилией Пабута, вероятно, жили на стыке славянского и балтского миров, а сама фамилия хранит память о прозвище, данном либо по временному статусу человека, либо по его характеру («тот, кто любит погостить»).