Фамилия Панушин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность. В основе лежит личное имя или прозвище Пануша. Такая форма — характерный для северных и центральных говоров вариант имени Панфил, Панофил (от греческого «всеми любимый») или же уменьшительное от Павел (Павлуша → Пануша). Второй вариант встречается реже, но тоже возможен: Пануша могло быть производным от канонического имени Панкратий, где первый слог «Пан-» выделялся в обиходе.

Исторически Панушин — фамилия недворянского происхождения. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, у которых прозвище отца перешло к детям как указание на родство. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии на -ин часто фиксировались в вятских, пермских и архангельских землях — там, где бытовали диалектные формы имён на -уша.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Пануша (прозвище или уменьшительное имя) + -ин → «сын Пануши». По такому же принципу возникли фамилии Панушин, Панухин, Панин, хотя последняя восходит к другому корню (Паня от Пантелеймон). Панушин — более редкий вариант, что делает его особенно ценным для генеалогического поиска: носители фамилии, вероятно, происходят из одной локальной группы, где имя Пануша было устойчивым прозвищем в нескольких поколениях.

Спорных версий происхождения у фамилии немного. Гипотеза о связи с тюркским корнем «пан» (господин) или с географическим названием (например, река Пануша) не находит серьёзных подтверждений — ни в исторических документах, ни в топонимике такие параллели не прослеживаются. Наиболее правдоподобным остаётся славянское имя-основа, адаптированное в бытовой речи.