Фамилия Панушкин образована от имени или прозвища Панушка. Основа здесь — Пан-, а уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- в русских фамилиях встречается нечасто, что сразу выделяет эту фамилию из ряда стандартных «Пановых» или «Паньковых». Панушка — это ласковое обращение к человеку по имени Пан, Паня, Панкрат или Пантелеймон. В крестьянской и мещанской среде XIX века такие «домашние» формы имени часто становились основой для фамилии, закрепляя за родом прозвище, данное в детстве или по характеру.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «пануша» или «панушка», которое в южнорусских говорах могло означать нечто вроде «барышня», «панночка» или даже «нарядная кукла». Если прозвище дали взрослому мужчине, оно могло быть ироничным — щеголь, франт, человек с манерами. Однако фамилии на -ушкин почти всегда отталкиваются от имени, а не от нарицательного существительного, поэтому версия с Панушкой как формой крестильного имени выглядит убедительнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Панушкин, то есть сын, потомок Панушки. Такая модель типична для центральной России и Поволжья, где фамилии на -ин от имён на -а/-я особенно распространены. Встретить Панушкиных можно в старых переписях Рязанской, Тамбовской и Владимирской губерний — там, где имя Панкрат было популярно, а уменьшительные формы легко переходили в фамилии.

В ономастических словарях фамилия Панушкин не разбирается подробно, но её структура прозрачна. Интересно, что в некоторых говорах ударение падает на первый слог — Па́нушкин, а не Пану́шкин, что может указывать на местное произношение исходного имени Паня. В любом случае, перед нами пример фамилии, которая сохранила память о ласковом домашнем прозвище, не ставшем официальным именем, но оставшемся в родовой памяти.