Фамилия Паушкин — редкий случай, когда прозвище «ушло» в фамилию не через стандартные суффиксы, а сохранило почти исходный вид. Основа здесь — «Паушк(а)», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Паушкин, то есть сын или потомок Паушки. Такая модель типична для прозвищ на «-а/-я», которые в быту звучали ласкательно или уменьшительно.

Корень фамилии спорный. Первая и самая прямая версия — от тюркского или татарского имени Пауш, Пауша. В русских говорах слово «пауша» фиксировалось в значении «паук» (ср. диалектное «паук» — паук). Тогда прозвище Паушка могли дать либо человеку с характерной внешностью (длиннорукий, сутулый), либо тому, кто занимался ткачеством или плетением — ремёслами, которые в народном сознании связывали с пауком-ткачом. Вторая версия — от имени Павел, но в такой форме оно маловероятно: обычно Павел давал фамилии Павлов, Павлушкин, Павкин, а «Паушка» — слишком далёкий вариант.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где сильны были тюркские влияния. Встречается также в бывших казачьих областях — на Дону, Кубани. В этих местах прозвище могло закрепиться за человеком из татарской или мордовской среды, принявшим православие. В центральных губерниях фамилия редка.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия не перешла в «-ов» (как Паушков), а осталась в «-ин». Это говорит о том, что прозвище Паушка было в ходу как личное имя или устойчивое уличное прозвище, а не как обозначение профессии или места. В документах XVII–XVIII веков можно встретить формы «Паушин» и «Паушкин» — путаница из-за схожести суффиксов, но «Паушкин» закрепился как основной вариант.

Однокоренных фамилий немного: Паушев, Паушин, Паушевский. Все они восходят к той же основе, но «Паушкин» — самая старая по модели образования. В современных справочниках фамилию часто ошибочно связывают с немецким «Пауш» (Pausch), но для русской среды это маловероятно: немецкие фамилии на -ин в России единичны и обычно относятся к обрусевшим немцам, а Паушкины — исконно русский род.