Фамилия Палутин — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачный корень может ввести в заблуждение. Если разбирать её по модели, это типичная «патронимическая» фамилия на -ин, то есть образованная от личного имени или прозвища отца: Палута → сын Палутин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?» — Палутин), и по такой схеме сложились тысячи фамилий от основ, оканчивающихся на -а/-я.

Самый прямой путь — от слова «палуба». В древнерусском языке «палуба» означала не только настил на судне, но и крышу, кровлю, свод, а также чердачное помещение или верхнюю одежду с подбоем (отсюда «полушубок»). Человек по прозвищу Палуба мог быть плотником, строителем судов или домов, либо же носителем какой-то характерной «палубной» шапки или кожуха. Однако при образовании фамилии через суффикс -ин основа на -а обычно даёт форму Палубин, а не Палутин. Здесь мы видим не «б», а «т», что меняет картину.

Гораздо вероятнее, что в основе лежит не «палуба», а уменьшительная или диалектная форма личного имени. В старых русских говорах и в ономастике встречается имя Палута — это могло быть сокращением от крестильного имени Ипатий (разговорная форма — Патий) или же от Пафнутий (Пахнутий → Палута). В пользу этого говорит и география: фамилия Палутин фиксируется преимущественно в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская, Костромская), где такие «усечённые» имена были особенно распространены. В этом случае фамилия означает «потомок Палуты», а сам Палута — человек, носивший в быту сокращённое церковное имя, что было обычной практикой в крестьянской среде.

Есть и третья, менее очевидная возможность: фамилия могла возникнуть от прозвища Палута со значением «непоседа», «шатун» или «тот, кто палудит» (в некоторых говорах «палудить» — пачкать, портить, а также болтать вздор). Но эта версия слабее: глагол «палудить» редок и узко диалектален, а основная масса фамилий на -ин всё-таки восходит к именам, а не к абстрактным глагольным прозвищам.

Таким образом, наиболее надёжное объяснение: Палутин — фамилия от личного имени Палута, бытового сокращения от канонического Ипатий или Пафнутий. Предок носителя фамилии был простым крестьянином или ремесленником из северных или центральных губерний, которого в обиходе звали по имени, а его дети и внуки закрепили это имя как родовое.