Фамилия Палутов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа тёмная, и чтобы понять её, придётся разбирать слово по частям.

Первое, что бросается в глаза — суффикс -ут-. В русских фамилиях он встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное от глагола с помощью этого суффикса. Сравните: «крикун» — Крикунов, «пасти» — Пастухов. Для Палутова ближайшая параллель — фамилия Пальцев (от «палец»), но с другим суффиксом. Основа «пал-» может восходить к глаголу «палить» (жечь, обжигать) или к слову «пал» (обгоревший пень, а также орудийный выстрел). В таком случае прозвище Палут мог получить человек, связанный с огнём: либо тот, кто работал у горна (кузнец, стеклодув), либо вспыльчивый, горячий по характеру.

Есть и вторая версия, более прозаичная. В говорах русского севера (архангельские, вологодские) словом «палут» называли нерадивого или медлительного человека. Если это так, то фамилия — из разряда охранительных: предкам дали прозвище с отрицательным оттенком, чтобы отвести от ребёнка злые силы. Правдоподобность этой версии подкрепляется тем, что фамилия Палутов встречается в основном на Русском Севере и в Сибири — в местах, куда переселялись северяне.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с именем Пафнутий (разговорная форма Палут, Палутий). Но для этого нет достаточных документальных подтверждений: в переписных книгах XVII–XVIII веков Палутовы не фиксируются как потомки человека с таким именем.

Итог: скорее всего, фамилия прозвищная, от слова, означавшего либо «обжигающий» (профессия или характер), либо «медлительный». География бытования — север и восток России. Точных данных о дворянском или крестьянском происхождении нет, но массовость фамилии невысокая, что говорит о локальном корне, а не о широком распространении из одного центра.