Фамилия Парутина образована от личного имени или прозвища Парутя. Скорее всего, это разговорная, обиходная форма древнерусских крестильных имен, начинающихся на «Пар-»: Парамон (в переводе с греческого — «постоянный, твердый, верный»), Паригорий («утешитель»), Пармен («стойкий») и некоторых других. На Руси такие имена в быту часто сокращали и переделывали на свой лад, чтобы удобнее было произносить, поэтому появление формы Парутя вполне закономерно.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе фамилии лежит эстонское слово parun — «барон». В этом случае Парутей могли прозвать не только потомка человека, имевшего титул барона, но и одного из его крепостных или рабочих. Однако эта версия выглядит скорее экзотической: для северо-западных губерний, где было заметно влияние прибалтийских языков, такое прозвище могло возникнуть, но массового распространения не получило.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Парутина — это «дочь Парути», «жена Парути» или «родом из семьи Парути». Такая модель типична для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. По сословному происхождению, скорее всего, основатель рода Парутиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды — именно в этих слоях чаще всего использовали уменьшительные и обиходные формы имен, которые затем закреплялись как фамилии.

Таким образом, потомок человека по имени Парутя со временем получил фамилию Парутина. Это довольно редкая фамилия, и в ней отчетливо виден след живой народной традиции именования — той, что превращала громкие церковные имена в короткие и привычные домашние прозвища.