Скорее всего, Парутя — это форма имен, начинающихся на «Пар-»: Парамон (в переводе с греческого — «постоянный, твердый, верный»), Паригорий («утешитель»), Пармен («стойкий») и некоторых других. Скорее всего, основатель рода Парутиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит эстонское слово parun — «барон». В таком случае, Парутей могли прозвать не только потомка человека, титул барона, но и одного из его крепостных или рабочих. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Парутя, со временем получил фамилию Парутина.