Основой фамилии Паутина послужило мирское имя Паута. Имя Паута, вероятно, образовано от диалектного слова «пауть», которое в пермских, вятских и сибирских говорах имеет значение «овод», или «паутка» - «темно-серая муха». Однако нельзя исключить, что Паута — это одна из уменьшительных форм крестильного имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Паута, со временем получил фамилию Паутина.