Фамилия Пратонина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить женское окончание -а, перед нами мужская форма Пратонин. Модель образования здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Пратоня. Вопрос упирается в саму основу.

Корень «прат-» в русском языке нечастый. Самая прямая версия связывает фамилию с диалектным словом «прать» — в некоторых говорах так называли упрямого, спорщика или того, кто «прёт напролом», действует напористо. В этом случае Пратоня — прозвище человека с крутым нравом, которое затем закрепилось за его потомками. Суффикс -оня типичен для русских прозвищных форм (вспомните Тимоха — Тимохоня, или от глагола «бродить» — Бродоня), так что словообразовательная цепочка «прать → Пратоня → Пратонин» выглядит убедительно.

Есть и менее вероятная, но допустимая гипотеза: основа могла восходить к церковному имени Прокопий или Протасий. В народной речи такие имена часто укорачивали до Проня, Проха, а форма Пратоня могла возникнуть как вариантное произношение — через аканье или под влиянием местных говоров. В этом случае фамилия оказывается патронимической, то есть указывает на предка по имени Протасий (в переводе с греческого — «передовой, первый»). Однако отсутствие широкого распространения имени Протасий в крестьянской среде делает эту версию слабее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Кировской областям, где диалектная лексика сохранила слово «прать». В этих краях фамилия и могла возникнуть как прозвище упрямого или деятельного человека.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ин в этой среде — самый массовый тип, и Пратонин здесь не исключение. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение от прозвища.

В написании фамилия устойчива: вариант Пратонина встречается только в женском роде, мужская форма — Пратонин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Прато́нин, хотя в говорах могло смещаться.