Фамилия Пражена — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает географическое название, отсылающее к столице Чехии, но это было бы слишком просто и, скорее всего, ошибочно. Прямого корня «Праж-» в русских фамилиях почти нет, и если бы фамилия была образована от топонима, она звучала бы как Пражский или Праженин. В данном случае основа другая.

Наиболее вероятное объяснение лежит в области прозвищ. В русских говорах существовало слово «праженый» — то есть жареный, печёный, обработанный огнём. Это причастие от глагола «пражить» (жарить, палить, печь). Прозвище Пражена мог получить человек, связанный с огнём или приготовлением пищи: повар, пекарь, кузнец или даже тот, кто случайно обжёгся. Суффикс -ен- в основе указывает на страдательное причастие, что для прозвищ характерно — так называли по действию, совершённому над человеком («варёный», «печёный», «битый»). Фамилия закрепилась в форме женского рода, что нередко для прозвищ, перешедших в фамилии без изменения окончания.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «пражь» (мороз, холод, стужа). В этом случае Пражена могла означать «зябкий», «мерзлявый» человек. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «пражь» встречается редко и в основном в северных говорах, а фамилия Пражена не имеет выраженной северной привязки.

Словообразовательная модель у фамилии простая: основа «пражен-» + окончание -а. Это фамилия без суффикса -ов/-ев, что характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ или причастий в форме именительного падежа. Сравните: Солона, Кручена, Печена. Такие фамилии часто фиксировались в реестрах казаков и крестьян.

География фамилии неширокая. Пражена встречается в единичных записях, преимущественно на юге России и в Украине. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не попадается, что говорит либо о её позднем закреплении, либо о малочисленности рода. Возможно, это фамилия одного корня, не размножившаяся широко.

Известных носителей с фамилией Пражена в истории нет — это не дворянская и не купеческая фамилия, а скорее крестьянская или казачья, возникшая из бытового прозвища. Её уникальность в том, что она сохранила исходную форму прозвища, не «обрусев» через суффиксы, и поэтому звучит архаично даже на фоне других редких фамилий.