Фамилия Пражин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в прозвище, а затем в фамилию, но не через стандартную модель «по месту жительства». Сразу бросается в глаза корень «Праж-», который отсылает к столице Чехии — Праге. Однако носитель фамилии Пражин вряд ли был выходцем из этого города напрямую: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «сын Праги» или «человек из Праги». Такая форма характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ, данных чужеземцам или людям, побывавшим в дальних краях.

В русской ономастике фамилии на -ин от топонимов встречаются, но нечасто. Обычно выходца из другого государства называли по стране или городу, но с суффиксом -ец (Пражец, Праженец) или просто Пражский (польская модель). Пражин же — более архаичная, «домашняя» форма, как если бы в деревне прозвали человека «Прага», а его детей — «Пражины». Похожие примеры: Литвин — Литвинов, но не Литвинин; Варшавин (от Варшава) — тоже редкая модель. Скорее всего, предок носителя фамилии либо побывал в Праге (купец, дипломат, военный), либо был чехом по происхождению, но обрусел и получил прозвище по родине.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища «Пража» или «Праж» в значении «тот, кто прожигает» (от глагола «пражить» — жарить, палить, в диалектах — «бить, хлестать»). В южнорусских говорах «пражить» означало «палить солнце» или «сильно печь», отсюда могло возникнуть прозвище для вспыльчивого или сурового человека. Но эта гипотеза слабее: в таком случае ожидалась бы фамилия Пражин с ударением на первый слог (Прáжин), а не на второй (Пражúн), как обычно произносят.

Географически фамилия Пражин встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о единичном прозвище, а не о массовом переселении. Сословная принадлежность неясна — среди дворянских родов такая фамилия не зафиксирована, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках. Уникальность Пражина в том, что он соединяет русскую патронимическую форму с европейским топонимом, и это делает фамилию необычным памятником давних контактов между Россией и Центральной Европой.