Фамилия Прибубко — яркий пример украинской модели фамилий с суффиксом -ко. В ономастике этот суффикс считается уменьшительно-ласкательным или, точнее, указывающим на принадлежность к роду: Прибубко буквально означает «маленький Прибуба» или «сын/потомок Прибубы». Такие фамилии массово формировались на территории современной Украины в XV–XVII веках, и Прибубко — одна из них.

Основа фамилии — прозвище Прибуба. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий. Наиболее вероятная связь с глаголом «бубнить» (говорить невнятно, монотонно) или «бубоніти» (украинский аналог). Приставка при- могла указывать на постоянное действие: Прибуба — человек, который постоянно что-то бубнит или ворчит. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «буба» — так в некоторых говорах называли толстого, неуклюжего человека или даже детскую «болезнь» (буба — шишка, опухоль). В таком случае Прибуба — «тот, кто при бубе», то есть обладатель такой особенности.

Географически фамилия Прибубко почти не встречается за пределами Украины. В современных базах данных она фиксируется преимущественно в центральных и северных областях — Черкасской, Киевской, Житомирской. Это типичная фамилия украинского крестьянства или казачества, не имевшая дворянского статуса. В Российской империи такие фамилии часто записывались с искажениями, но написание «Прибубко» сохранилось устойчивым.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бубенко, Бубнов, Прибуба — подтверждает, что все они образованы от одного прозвищного корня. Различие только в суффиксальной модели: -ко украинская, -ов русская, а Прибуба — вариант без суффикса, который мог закрепиться как фамилия в случае, если прозвище было личным именем. Таким образом, предки носителя фамилии Прибубко — скорее всего, выходцы из украинских сёл, получившие прозвище за манеру речи или внешность, и передавшие его детям как родовое имя.