Фамилия Прлунин — редкий случай в русской ономастике, где написание почти полностью скрывает исходную основу. С первого взгляда она кажется загадочной, но если произнести её вслух, всё встаёт на свои места: Прлунин — это фонетический вариант фамилии Перлунин или Перлунов. Буква «р» в безударном положении перед «л» в ряде говоров редуцировалась, а «е» выпала, что и дало современную графическую форму. Подобные случаи известны: фамилия Кржижановский тоже потеряла гласную при адаптации.

Основа фамилии — прозвище Перлун или Перлуна. Оно восходит к глаголу «перлунить» — в диалектах так говорили о человеке, который ворчит, брюзжит или делает что-то с ленцой, «тянет резину». В других говорах «перлун» означало «неповоротливый, медлительный человек» или «тот, кто постоянно копается». Слово образовано от корня «пер-» (сравните «переть», «упереться») с суффиксом -лун-, который в русских прозвищах встречается редко, но не уникально (ср. «болтун», «говорун»).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Прлунин — буквально «сын (или потомок) Прлуна». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а/-я. Если бы исходная форма была Перлун, фамилия звучала бы как Перлунов, но вариант на -ин закрепился, вероятно, из-за того, что в местном говоре прозвище склонялось как существительное женского рода: «Перлуна».

Географически фамилия Прлунин тяготеет к северным и среднерусским областям — Архангельской, Вологодской, Костромской, где редукция гласных особенно сильна. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальное происхождение: скорее всего, она возникла в одной деревне или волости и не получила широкого распространения.

Сословно носители фамилии — почти наверняка крестьяне. Прозвище Перлун не несёт ни боярского, ни духовного оттенка, а суффикс -ин в сочетании с диалектной основой типичен для сельской среды. Значение фамилии не уничижительное: в старом быту «перлуном» могли назвать незлого ворчуна или медлительного, но надёжного работника.