Фамилия Пролубникова — женская форма фамилии Пролубников, которая образована от прозвища или профессии Пролубник. Основа здесь — слово «пролубь», старинное диалектное название проруби (отверстия во льду). В старину так называли человека, который занимался прорубанием льда на реках или озёрах — зимой это было необходимо для водопоя скота, рыбной ловли, стирки белья и бытовых нужд. Пролубником могли прозвать и того, кто следил за порядком у проруби, не давал ей замёрзнуть или торговал рыбой, добытой из проруби.

Фамилия образована по типичной русской модели: основа + суффикс -ник- (указывает на деятеля или лицо по занятию) + фамильный суффикс -ов. То есть Пролубников — буквально «сын Пролубника». Без фамильного суффикса мужское прозвище звучало бы как Пролубник. Встречаются и родственные фамилии: Пролубщиков (от «пролубщик» — тот, кто делает проруби), а также Пролубов, но Пролубников — самая точная по смыслу.

В отличие от фамилий на -ин (вроде Пролубин), суффикс -ов чаще встречался на севере и в центральных землях России, где проруби были жизненной необходимостью в долгую зиму. Скорее всего, первые носители фамилии жили в районах с суровыми зимами — в Поморье, на Вологодчине или в Поволжье. Там же слово «пролубь» фиксируется в диалектах как основное, а не книжное «прорубь».

В документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении и отсутствии массового распространения через дворянские роды. Пролубниковы — люди из крестьянского или посадского сословия, чья работа была привязана к реке и зиме.