Фамилия Протаковский образована от прозвища Протак, и в основе её лежит глагол «протакать», то есть «поддакивать, не имея своего мнения», а также «потерять, утратить что-либо, угодничая перед кем-то». Смысл прозвища хорошо передаёт старинная поговорка, связанная с падением новгородской вольницы: «Новгородцы такали-такали, да Новгород и протакали». Так говорили о покорении Новгорода, намекая на то, что беспрекословное соглашательство и уступчивость привели к потере независимости.

Прозвище Протак, таким образом, указывало на особенности характера — на склонность человека поддакивать, не спорить и плыть по течению. Впрочем, не исключено, что в некоторых случаях оно носило иронический оттенок и закреплялось за тем, кто, наоборот, любил вставить своё слово в разговор, но делал это некстати.

Сама фамилия построена по типичной для польско-украинских и белорусских земель модели с суффиксом -ский. Первоначально такие фамилии указывали на владение землёй или происхождение из определённой местности, но здесь суффикс присоединён к личному прозвищу, что встречается реже. Это позволяет предположить, что предок Протаковских был человеком заметным, получившим прозвище, которое затем закрепилось за его потомками и перешло в официальные документы, полностью вытеснив прежнее наследственное имя.

Фамилия редкая, и это делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни. География её бытования, скорее всего, связана с западными регионами бывшей Российской империи, откуда носители фамилии могли расселяться дальше.