Фамилия Протекторов — случай, когда прозвище или должность превратились в фамилию почти без изменений, сохранив свою латинскую основу. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён, профессий или черт характера, эта стоит особняком: её корень — латинское protector («защитник», «покровитель»). В русский язык слово попало через западноевропейские языки, скорее всего, через польский или немецкий, и закрепилось в официальной лексике XVII–XVIII веков.

Модель образования здесь простая: основа «протектор» плюс патронимический суффикс -ов. Такой суффикс в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?» — чей сын, чей работник, чей подчинённый. То есть Протекторов — буквально «сын Протектора» или, что вероятнее, «человек, относящийся к протектору». Но если бы фамилия означала просто «сын защитника», она бы звучала как Протекторович. Суффикс -ов указывает на принадлежность к должности или учреждению, а не на прямое родство.

Самая правдоподобная версия происхождения — семинарская. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков ученикам часто давали «говорящие» фамилии на латинской или греческой основе: Реформатский, Аполлосов, Протекторов. Такие фамилии могли присвоить сыну церковного служителя, который выполнял функции защитника или попечителя при храме. Либо фамилию давали просто как «красивую» и благочестивую — в знак того, что носитель находится под защитой Бога или высокого покровителя.

Есть и более прозаичное объяснение: в светской среде «протекторами» называли должностных лиц, курировавших определённые ведомства или территории, особенно в петровскую эпоху, когда в Россию хлынули западные титулы и звания. Например, протектор мог быть попечителем школы, больницы или торговой компании. Фамилия Протекторов могла закрепиться за потомками такого управляющего или за приказчиком, который работал «при протекторе».

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном регионе. Встречается разрозненно — в центральных губерниях, на юге России, изредка в Сибири. Это тоже говорит в пользу семинарского или искусственного происхождения: такие фамилии не вырастали из народной среды, а присваивались в канцеляриях и учебных заведениях, поэтому их носители расселялись по всей стране вместе с перемещением духовенства и чиновников.