Фамилия Протокина — женская форма фамилии Протокин, и разбирать её стоит через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Протока. В русских говорах «протока» — это рукав реки, второстепенное русло, соединяющее два водоёма или ответвляющееся от основного. Человек мог получить такое прозвище по месту жительства: у протоки, на берегу речного рукава. В северных и сибирских регионах, где речная сеть густа, подобные прозвища были естественны.

Однако есть и другая версия, менее географическая. В некоторых диалектах «протокой» называли проход, узкий коридор или даже лаз. Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему в переулке, тупике или на узкой улочке. Но первая трактовка — речная — встречается чаще и подкрепляется обилием фамилий, образованных от гидрографических терминов: Озеров, Ручкин, Болотов, Клюев (от «ключ» — родник). Протокин стоит в том же ряду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Протокин — «сын Протоки» или «человек из семьи Протоки». Модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Это древний пласт, характерный для северных и центральных областей России. В документах XVI–XVII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким прозвищем, хотя сама фамилия Протокин не относится к числу частых.

Интересно, что фамилия не перешла в разряд дворянских или купеческих — она осталась крестьянской и мещанской. Следов знатного рода Протокиных в исторических источниках нет. Это фамилия людей, живших у воды, на протоке, и получивших своё родовое имя от самого простого и понятного ориентира в пейзаже.