Фамилия Пручкина образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы через суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Пручкина — буквально «дочь или жена Пручки». В центре внимания оказывается мужская форма Пручко, которая и стала исходной для фамилии.

Сама основа Пручко — это, скорее всего, прозвище или неканоническое имя. Его корень «пруч-» восходит к слову «прут» (в старом произношении и диалектах — «прут» или «пручок»). В говорах «пручком» могли называть тонкий, гибкий прут, хворостину. Прозвище Пручко могли дать человеку высокому, худощавому или, напротив, резкому, «колючему» в общении. Не исключено и профессиональное значение: мастер, работавший с лозой или прутьями (плетельщик корзин, изготовитель плёток).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «пручить» (напрягать, натягивать). В некоторых диалектах так говорили о человеке, который упрямится или делает что-то с чрезмерным усилием. Однако первое объяснение, через прозвище от «прута», выглядит проще и надёжнее.

Суффикс -ин указывает, что фамилия закрепилась в среде, где было принято называть человека по отцу или главе семьи: «чей будешь?» — «Пручкин», то есть из рода Пручки. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, модель на -ин в этих регионах доминировала.

Встречаемость фамилии Пручкина невысока, она относится к числу редких. В сословном отношении её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские фамилии с таким корнем не фиксируются. Искать корни стоит в архивных записях по Тверской, Ярославской или Костромской губерниям, где подобные прозвищные фамилии хорошо сохранились.