Фамилия Пругеров — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс подсказывает путь. В ней нет типичного -ов или -ин, зато есть -ер, который в русских фамилиях почти всегда указывает на заимствование из немецкого или идиша. Скорее всего, перед нами фамилия еврейского происхождения, образованная от названия профессии.

Корень «пругер» восходит к немецкому Brugger — «житель города Брюгге» или к слову Brücke («мост»), от которого могли произойти прозвища мостостроителей или сборщиков мостовой пошлины. Однако в восточноевропейском контексте, особенно на территориях бывшей черты оседлости, фамилия Пругеров чаще связывается с идишским פּרוגער (pruger) — «пружский», то есть выходец из польского города Пружаны (ныне Брестская область). Пружаны были известным еврейским местечком, и фамилия Пругер могла означать «тот, кто из Пружан». Русский суффикс -ов добавился уже при адаптации в документах Российской империи, превратив Пругера в Пругерова — сына Пругера.

Модель образования проста: к основе-прозвищу (Пругер) прибавили патронимический суффикс -ов, что типично для фамилий, оформленных по русскому образцу в XIX веке. В отличие от исконных русских фамилий на -ов, здесь -ер не является суффиксом деятеля, а входит в корень. Это сразу отличает Пругерова от фамилий вроде Токарев или Писарев, где -арь/-ер указывают на ремесло.

Географически фамилия встречается редко и сосредоточена в основном в западных регионах бывшей Российской империи, а также среди потомков эмигрантов в США и Израиле. В дореволюционных метрических книгах можно найти варианты написания: Пругеръ, Пругеровъ, иногда с одной «р» — Пугеров, что связано с ассимиляцией звуков в устной речи.

Версия о связи с глаголом «пругать» (диалектное «прыгать», «скакать») маловероятна: такие прозвища образовывали бы фамилию Пругалов или Пругаев, без чуждого русскому языку суффикса -ер. Поэтому основной остаётся топонимическая гипотеза: предок носителя фамилии Пругеров был выходцем из Пружан или, реже, носил прозвище, связанное с немецким «мост» или «брюггец».