Фамилия Пржегалинский звучит на польский манер, но на самом деле она почти наверняка русская, хотя и с необычным корнем. Её основа — прозвище Пржегала, которое происходит от польского или западнорусского глагола «пржегаć» (przegać) — «прожигать», «обжигать». В старых говорах так могли назвать человека, связанного с огнём: кузнеца, стеклодува, гончара, либо того, кто работал на смолокурне или выжигал уголь. Суффикс -ин- в прозвище Пржегала (Пржегалин) указывает на принадлежность: «сын Пржегалы». А уже от этой отческой формы через суффикс -ский образовалась фамилия Пржегалинский, типичная для польской шляхты или русских дворян, которым жаловали гербы за службу.

Модель образования «прозвище + -ин + -ский» встречается нечасто. Обычно фамилии на -ский сразу крепились к топониму или имени, а здесь видна двухступенчатая цепочка: сначала отчество, потом — «дворянский» суффикс. Это намекает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был не рядовым крестьянином, а человеком служилым — возможно, мелкопоместным шляхтичем или казачьим старшиной, который получил фамилию при переходе в российское дворянство. Географически корни фамилии стоит искать на западе России или в бывшем Великом княжестве Литовском: на Смоленщине, в Беларуси или на Волыни, где польское влияние смешивалось с русским языком.

Есть и более редкая версия, которую ономасты не сбрасывают со счетов: основа могла произойти от польского слова «przegala» — «перепел» (через диалектное «przepiórka»). Но она слабая, так как фонетический переход «пёр» в «гала» необъясним. Гораздо правдоподобнее связь с огнём и жаром: в польском «przegalnia» — это обжиговая печь, а «przegalarz» — обжигальщик. Так что Пржегалинский — это, по сути, «сын обжигальщика», получивший со временем дворянский суффикс. Фамилия редкая, в современных справочниках встречается единично, что подтверждает её узколокальное происхождение.