Фамилия Пшекин образована от прозвища Пшека — так в старину могли называть человека по роду его занятий. Само прозвище, скорее всего, связано с польским словом przekaz, то есть «перевод, передача». Если придерживаться этой версии, предок носителя фамилии мог быть посыльным или гонцом — человеком, чья работа заключалась в передаче известий и поручений. Однако есть и другая, более простая трактовка: Пшека — это искажённое или диалектное обозначение пекаря. В этом случае предок пёк хлеб, за что и получил своё прозвище.

Обе версии укладываются в модель так называемых «профессиональных именований» — прозвищ, которые прямо указывали на деятельность человека. В те времена, когда фамилии только начинали закрепляться, такие прозвища были естественным способом отличить одного человека от другого: Иван-гонщик, Пётр-пекарь, а вот этот — Пшека. Позже, когда прозвище перешло к детям и внукам, оно обрасло типичным русским суффиксом принадлежности -ин, и потомок человека по прозвищу Пшека стал писаться Пшекиным.

Интересно, что корень прозвища звучит не по-русски, а скорее по-польски или по-белорусски. Это может говорить о западном происхождении рода — возможно, предки носителей фамилии пришли из земель Речи Посполитой или жили на территории современной Беларуси, где польское влияние было сильным. Впрочем, со временем фамилия полностью обрусела и сегодня воспринимается как исконно русская, хотя и с необычным звучанием.