Фамилия Пшунетов — редкая, с прозрачной, но неочевидной на первый взгляд основой. Её ядро — слово «пшунет». В русских говорах, особенно на Кубани, Северном Кавказе и в причерноморских областях, так называли человека маленького роста, коротышку, недомерка. Слово это явно заимствованное, скорее всего, из тюркских или кавказских языков, где похожие корни означают «маленький», «карлик» или «низкорослый». В некоторых диалектах «пшунет» имело и переносное значение — «незначительный человек», «выскочка», но с оттенком пренебрежения.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Пшунет (или Пшунёта) + патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Пшунета». То есть фамилия Пшунетов изначально означала «потомок человека по прозвищу Пшунет». Интересно, что суффикс -ет в основе прозвища — редкий для русской антропонимии. Он мог быть заимствован вместе с самим словом или образован по аналогии с другими прозвищами (ср. «кудрявет», «горбунет»). Это делает фамилию не просто описательной, а маркером определённой диалектной среды.

Географически фамилия тяготеет к югу России. Наибольшая концентрация носителей — в Краснодарском крае, Ростовской области и в республиках Северного Кавказа. Это неудивительно: именно в зоне активных русско-кавказских и русско-тюркских контактов такие заимствованные прозвища закреплялись в качестве фамилий. В центральных и северных областях России Пшунетовы почти не встречаются.

Версия о происхождении от имени собственного (например, от адыгского или осетинского имени) менее вероятна. Звуковой состав «пшунет» не характерен для традиционных русских календарных имён, а для иноязычных личных имён суффикс -ов присоединялся бы иначе (например, Пшунов от Пшу). Прозвищное происхождение объясняет и редкий корень, и диалектную окраску. Иных версий, заслуживающих серьёзного рассмотрения, нет.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим. В казачьей среде прозвища давались цепко и часто переходили в фамилии, фиксируя внешнюю примету или особенность характера. Прозвище Пшунет мог получить невысокий, но бойкий человек, и потомки уже несли эту фамилию как родовое имя, не задумываясь о её первоначальном значении.