Фамилия Пшунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, стоит отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Пшуна), и присмотреться к основе «Пшун».

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «пшун» или «пшунок». В южнорусских и украинских говорах так называли пшеничный или ячменный колос, а также мелкое зерно, осыпь. Прозвище Пшун могли дать человеку маленького роста, щуплому, либо, напротив, крестьянину, который сеял или обмолачивал пшеницу. Такие «растительные» прозвища (Горох, Овёс, Житник) в русской среде были распространены, но форма «Пшун» встречается заметно реже, чем, скажем, Пшеничный или Пшенников.

Вторая, менее очевидная гипотеза отталкивается от звучания: в некоторых районах Кавказа (особенно в адыгской среде) существует фамилия Пшунов, которую выводят из адыгского «пщы» — князь. В этом случае корень мог быть переосмыслен при записи в русских документах, но для центральной России такое объяснение маловероятно. Фамилия Пшунов фиксируется в основном в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях — то есть в зоне бытования южнорусских говоров, где слово «пшун» в значении «колос» было в ходу.

Интересна и словообразовательная модель: суффикс -ун в прозвищах часто указывал на деятеля или носителя признака (бегун, крикун, хвастун). Пшун — тот, кто имеет отношение к пшенице, либо человек с «пшеничной» внешностью (светлые волосы, бледная кожа). Фамилия не дворянская и не семинарская — она из крестьянской или казачьей среды, где прозвища закреплялись за родом без искусственных прибавок.

В метрических книгах XIX века Пшуновы встречаются как однодворцы и государственные крестьяне. В советское время фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной. Сегодня её носители живут в основном на юге России и в Поволжье.