Фамилия Пшуноков — довольно редкая, и её происхождение уходит корнями в языки народов Северного Кавказа. В основе фамилии лежит тюркское или адыгское (черкесское) слово «пшун» (варианты: «пщын», «пшынэ»), которое означает «свирель», «дудка» или «музыкальный инструмент». Соответственно, первым носителем прозвища Пшунок мог быть музыкант, пастух, игравший на свирели, или мастер по изготовлению таких инструментов. Суффикс -ов, присоединённый к основе, — типичный русский патронимический формант, который в данном случае «обрусел» фамилию при её фиксации в документах, так как в кавказских языках фамилии чаще образуются суффиксами вроде -ов, -ев, -ов.

Интересна и менее очевидная, но лингвистически правдоподобная версия. В кабардино-черкесском языке есть слово «пщынэ», которое также может переводиться как «кожаный мешок» или «бурдюк» (для хранения жидкостей). Тогда Пшунок — это прозвище бурдючника, человека, делавшего или продававшего такие мешки. Учитывая, что бурдюки были неотъемлемой частью быта горцев-скотоводов, эта версия не менее весома, чем «музыкальная». Выбрать одну из них без точной географической привязки рода сложно, но обе указывают на вполне конкретное ремесло или занятие предка.

Географически фамилия Пшуноков почти наверняка указывает на Кабардино-Балкарию или Карачаево-Черкесию. Скорее всего, предки носителей фамилии — кабардинцы или черкесы, которые в XIX–XX веках, при получении официальных документов (например, метрик или паспортов), получили фамилию в русифицированной форме на -ов. Если бы фамилия осталась в исконной форме, она звучала бы как Пшунок (по адыгской модели) или Пшунокъуэ.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Пшуноков — яркий пример прозвищной фамилии по профессии. Она не говорит о родстве с конкретным человеком, а сразу сообщает, чем занимался основатель рода. Это роднит её с такими фамилиями, как Гончаров или Кузнецов, но привязывает ремесло к специфическому кавказскому быту.

Склонение фамилии не вызывает сложностей: она изменяется как обычное притяжательное прилагательное на -ов. В мужском роде: Пшуноков, Пшунокова, Пшунокову. В женском — Пшунокова (не склоняется, если речь о женщине), но в бытовом общении в среде кавказских народов часто используют мужскую форму для всей семьи (например, «семья Пшуноковых»).