Фамилия Пуденкова хранит память о прозвище или имени дальнего предка, и чтобы понять её значение, нужно разобраться в нескольких версиях, каждая из которых по-своему интересна. Самая распространённая гипотеза связывает основу фамилии с нарицательным «пуд» — русской мерой веса, равной примерно 16 килограммам. В старину пудом называли не только саму меру, но и гирю, и даже весы, поэтому прозвище Пуд могло указывать на род занятий человека. Например, так могли назвать носильщика, работа которого требовала поднимать тяжести, либо сильного и мощного мужчину, чьи физические данные бросались в глаза окружающим.

Однако на этом значение не заканчивается. В некоторых областях пудом именовали полосу земли, которую можно было засеять пудом ржи. Если предок был земледельцем и владел таким наделом, его тоже могли окрестить Пудом — прозвище закреплялось за хозяином участка. Существовала и особая профессия пудовщик — весовой или весовщик, сторож при весах, который собирал пошлины за взвешивание товара. Человеку на такой должности прозвище Пуд давали почти наверняка. Все эти версии объединяет одно: прозвище отражало либо физическую силу, либо конкретный род деятельности, то есть было тесно связано с повседневной жизнью и трудом.

Есть и другая, менее бытовая гипотеза. В основе фамилии может лежать старинное мужское крестильное имя Пуд, которое пришло из латыни и переводится как «стыдливый». В этом случае фамилия образована не от прозвища, а от личного имени, данного при крещении. Имя было редким, но встречалось, особенно в среде духовенства, где было принято использовать не самые ходовые календарные имена.

Отдельного внимания заслуживает суффикс, который отличает эту фамилию от многих однокоренных. Форма Пуденкова образована не напрямую от основы «Пуд», а через промежуточную ступень — отчество Пуденко. Такая модель типична для украинской и южнорусской традиции, где суффикс -енко указывал на сына или потомка. Со временем, когда носители фамилии Пуденко переселились в великорусские земли, произошла русификация: к основе добавили типичный для северных и центральных областей суффикс -ов, и фамилия приобрела привычное звучание Пуденкова. Таким образом, в ней соединились две ономастические традиции — южная, давшая отчество, и северная, закрепившая фамилию в окончательном виде.

Какой бы из версий ни придерживаться — прозвищной или именной, ясно одно: фамилия Пуденкова относится к древнему пласту русских фамилий, которые формировались в XV–XVII веках как указание на отца или деда. Потомок человека по прозвищу или имени Пуд, переехав в другую область, сохранил в фамилии память о своём корне, а добавленный суффикс лишь адаптировал её к новому языковому окружению.