Фамилия Пуденков — яркий пример того, как просторечное прозвище или диалектное слово стало родовым именем. В основе лежит слово «пуденок» или «пудень». В русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, так называли полного, грузного или медлительного человека, реже — упрямца. Корень здесь — «пуд», от слова «пуд» (мера веса): прозвище давали тому, кто «весом с пуд» или кто «пудрит» (в смысле «упирается, тяжело двигается»). Суффикс -енок/-енк в таком прозвище указывал на уменьшительность или принадлежность к чему-то: «пуденок» — буквально «маленький пуд» или «сын Пуда». Модель образования фамилии проста: прозвище Пуденок (или Пудень) оформилось в фамилию через патронимический суффикс -ов, то есть Пуденков — «сын Пуденка».

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с крестильным именем Пуд. Имя Пуд (от латинского pudens — «стыдливый, скромный») было редким, но встречалось в святцах. В таком случае Пуденок — это «маленький Пуд» или «сын Пуда». Однако прозвищная версия выглядит правдоподобнее: фамилия Пуденков нечастотна, и её основа — «пуденок» — хорошо ложится в ряд русских прозвищ по внешности (ср. Толстенков, Грузенков).

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным регионам России. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Пуденок, например, в новгородских писцовых книгах. Суффикс -енков, а не -енковский, указывает на непривилегированное происхождение: такие фамилии обычно носили крестьяне и мещане, а не дворяне.

В современном бытовании фамилия Пуденков остаётся редкой. Её носители, скорее всего, потомки людей, которых в деревне прозвали за осанистость или медлительность. Интересно, что однокоренные фамилии — Пудов, Пудовкин, Пуденко — встречаются чаще, а Пуденков сохранил диалектную основу с суффиксом, который сейчас почти не используется в прозвищах.