Фамилия Пудкова образована от прозвища Пудок — уменьшительной формы прозвища Пуд. В основе лежит нарицательное «пуд»: мера веса около 16 килограммов, а также гиря или весы. Прозвище могли дать человеку крупного телосложения — в переносном смысле, как «тяжёлому», весомому человеку. Но более конкретная версия связывает его с профессией пудовщика: так называли сторожей или приставов при весах, которые следили за торговыми операциями и собирали пошлины. В этом случае Пудком могли окрестить человека, чья работа была связана с мерами и весами.

В некоторых областях пудком называли и участок земли, засеваемый пудом ржи, — примерно одну двенадцатую десятины. Если принять эту версию, прозвище Пудок получал владелец такого надела. Она менее распространена, но имеет право на существование: в крестьянской среде прозвища часто давали по имущественному признаку. Правдоподобнее всё же выглядит связь с весом или профессией: такие прозвища встречаются чаще и легче объясняют появление фамилии.

Суффикс -ов- в окончании указывает на притяжательную модель: Пудкова — дочь, жена или потомок Пудка. Фамилия закрепилась в женской форме, как это обычно происходило при передаче по женской линии в документах. Сама фамилия довольно редкая, и её носители, скорее всего, происходят из северных или центральных губерний России, где пуд как мера веса использовался особенно широко в торговле и сельском хозяйстве.