Фамилия Пудочкина — женская форма фамилии Пудочкин, и в её основе лежит не самое очевидное слово. Если не копать, можно подумать на «пуд» — старую меру веса. Но настоящий корень здесь — «пудок». В русских говорах так называли не только мелкую гирю, но и, что важнее, небольшой пучок льна или конопли, приготовленный для прядения. Человек, который вязал или продавал такие пучки, мог получить прозвище Пудок, а его потомки — фамилию Пудочкины.

Суффикс «-к-» в основе «пудок» имеет уменьшительное значение, а сам «пудок» — это уже уменьшительное от «пуд». То есть фамилия прошла двойную уменьшительную обработку: сначала пучок льна назвали «пудком» (маленький пуд), а потом от этого «пудка» образовали фамилию через суффикс «-ин». Такая модель (основа на -ок → -очк-) встречается нечасто и сразу отличает Пудочкиных от более распространённых Пудовых или Пудиных.

Версия о происхождении от меры веса («пуд») менее вероятна. Прямо «пудом» называли обычно крупного, грузного человека, а «пудочка» для такого значения слишком ласковая форма. Скорее всего, предок Пудочкиных был не силачом, а ремесленником, связанным с обработкой льна — крестьянином, который мял тресту или сучил нитки. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где лён был основной культурой: Вологодская, Костромская, Ярославская области.

В дореволюционных переписях фамилия Пудочкин фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это чисто народное прозвище, перешедшее в фамилию. Написание через «о» (Пудочкин) закрепилось, хотя в диалектах могло звучать и как «Пудошкин» или «Пудков».