Фамилия Пукеп — настолько редкая и нестандартная для русского уха, что её происхождение приходится искать за пределами славянского мира. Первое, что бросается в глаза: в фамилии нет ни одного из привычных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это значит, что перед нами не «сын такого-то» или «выходец из такой-то местности», а скорее всего застывшее прозвище или слово, принесённое из другого языка.

Скорее всего, Пукеп — это фамилия прибалтийского или финно-угорского корня. В эстонском и финском языках слово «pukki» (произносится примерно как «пукки») означает «козёл». В эстонских говорах встречается и форма «pukk», которая могла перейти в фамилию как «Pukk» (русское написание — Пукеп). Возможна и связь с эстонским «pukip» — так в некоторых диалектах называли подставку, козлы для пилки дров. Человек, носивший такое прозвище, мог быть упрямым, как козёл, или работать плотником, изготавливающим такие козлы.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая, — фонетическая адаптация латышского слова «pūķis» (дракон, змей). Если учесть, что в русской записи звук «к» мог заменить долгое «ķ», а «п» на конце появилось как оглушение, то исходная форма могла звучать как «Пукис» или «Пукип». В латышских фамилиях такое окончание встречается, но для русского уха оно перестроилось в более твёрдое «Пукеп».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — к Эстляндии, Лифляндии или Курляндии. В современных российских архивах Пукеп встречается единично, в основном у потомков прибалтийских немцев или эстонцев, переселившихся в Сибирь и на Урал в ходе столыпинской реформы. Сословно предки могли быть как крестьянами-хуторянами, так и ремесленниками.

Однокоренных фамилий в русском языке нет. Ближайшие аналоги — Пукис (латыш.), Пуукепп (фин.), Пукк (эст.). Если ваши предки носили фамилию Пукеп, с высокой вероятностью они были выходцами из северо-западных губерний, говорили на диалекте эстонского или латышского языка, а их прозвище описывало либо характер, либо занятие — и то и другое вполне объясняет, почему фамилия не получила славянского суффикса.