Фамилия Пусеп — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти наверняка не русская по происхождению, а прибалтийско-финская, скорее всего эстонская. В эстонском языке слово püss означает «ружьё», а суффикс -ep указывает на деятеля. Таким образом, Пусеп — это «оружейник», «тот, кто делает ружья» или, в более широком смысле, «стрелок». Прямая аналогия — русская фамилия Пушкарёв, образованная от того же корня.

В русском языке фамилия Пусеп не склоняется по падежам как типичная славянская, а ведёт себя как иноязычное заимствование. Это сразу выдаёт её нерусское происхождение. Если бы основой было славянское прозвище, мы бы увидели суффиксы -ов, -ин или -ский. Здесь же — нулевая флексия и характерный для эстонского языка суффикс профессии.

Встречается Пусеп в основном на северо-западе России: в Ленинградской области, в Санкт-Петербурге, а также в Эстонии. В XIX — начале XX века многие эстонцы переселялись в столичные губернии, работали ремесленниками, в том числе оружейниками. Фамилия могла закрепиться за цехом мастеров, обслуживавших охотничьи и армейские ружья.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от названия оружия через отчество (Самопалов, Пищальников), Пусеп — это прямая профессиональная кличка, перешедшая в фамилию без изменений. Такая модель редка для русской традиции, но обычна для финно-угорских народов. Поэтому носитель фамилии Пусеп может с высокой вероятностью считать своими предками эстонских оружейных мастеров или солдат-стрелков.