Фамилия Пухыр — редкая, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд корень «пух» наталкивает на мысль о мягкости, лёгкости или даже о болезни (опухоль, пухнуть). Однако в русских фамилиях прозвища по внешним признакам давали нечасто, и здесь стоит копнуть глубже.

Скорее всего, в основе лежит не русское, а тюркское или финно-угорское слово. В тюркских языках «пухыр» (или «бухыр») может означать «горбатый», «сгорбленный» или «сутулый». Такое прозвище давали человеку с характерной осанкой. В коми-пермяцком наречии есть похожее «пукыр» — «кривой», «согнутый». Учитывая, что фамилия встречается в Пермском крае и на Урале, версия с финно-угорским следом выглядит правдоподобной.

Фамилия образована без суффикса — это так называемая «чистая» основа. В русской ономастике такие фамилии (Пухыр, Гоголь, Сорока) обычно старше суффиксальных и часто принадлежали крестьянам или посадским людям. Фамилию могли записать в церковной книге прямо по прозвищу, без добавления -ов или -ин, что указывает на её раннее закрепление (XVI–XVII века).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «пухырь» (пузырь). В некоторых говорах так называли капризного или обидчивого человека. Однако форма «Пухыр» без мягкого знака и окончания -ь встречается реже, что говорит в пользу иноязычного корня.

Фамилия не получила широкого распространения. Основные носители живут на северо-востоке европейской части России — в Кировской области, Удмуртии и Пермском крае. За пределами этих регионов Пухыр — большая редкость.