Фамилия Пукипов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные искажения при переписях, её основа — не имя и не профессия, а прозвище, связанное с диалектным словом.

В русских говорах «пукать» означало «издавать глухой звук, хлопать, стрелять», а также «пучить, надувать». Человек мог получить прозвище Пукип за манеру громко и внезапно смеяться, за привычку хлопать дверьми или за то, что он «пучил глаза» — удивлялся или сердился. Суффикс -ип в прозвище — редкая модель, характерная для северных и сибирских говоров (сравните: Гулип, Топип, Хрипип). Фамилия образована по стандартной схеме: к прозвищу Пукип добавили патронимический суффикс -ов, то есть «сын Пукипа».

Версия о связи с тюркским корнем (сравните с татарским «пук» — пар, дух) маловероятна: фамилия не встречается в Поволжье и на Урале, где такие заимствования обычны. География Пукиповых — центральные и северные области России (Вологодская, Костромская, Кировская области). В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян.

Отдельного внимания заслуживает написание: в старых метриках можно встретить вариант Пукиппов — с двойной «п». Это не ошибка, а следствие того, что прозвище произносили с долгим согласным (Пукипп), и на письме его фиксировали по слуху. Позже орфография упростилась, но двойная «п» в некоторых ветвях рода сохранялась до начала XX века.