Фамилия Пукянес — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не восточнославянская по происхождению, а прибалтийско-финская, точнее — карельская или финская. На это указывает финаль -нес, которая в русской передаче закрепила финский суффикс -nen. В финском и карельском языках этот суффикс образует прилагательные со значением «маленький» или «принадлежащий к чему-либо», а в фамилиях он стал типичным родовым показателем, аналогичным русскому -ов/-ев. Таким образом, Пукянес — это фамилия, возникшая на территории, где говорили на прибалтийско-финских наречиях (Карельский перешеек, Ингерманландия, Финляндия), и адаптированная русским языком.

Основа фамилии — Пукя-. Скорее всего, она восходит к финскому слову pukki — «козёл». В диалектах могла быть форма pukia или pukjä, от которой через суффикс -nen образовалось прозвище Pukiainen, со временем упростившееся до Пукянес. Такие «звериные» прозвища были распространены у финно-угорских народов: козёл в крестьянской среде ассоциировался с упрямством, плодовитостью или служил тотемным именем. Впрочем, возможна и другая версия: основа могла произойти от карельского слова pukšu — «бедняк» или «неудачник», но она менее вероятна, так как следов такого корня в фамилиях почти нет.

В России фамилия Пукянес встречается крайне редко и сосредоточена в северо-западных регионах — в Ленинградской области, Карелии, а также среди потомков переселенцев из Ингерманландии в Сибири. Носители этой фамилии — почти поголовно потомки карел или ингерманландских финнов, которые в XVIII–XIX веках жили в деревнях вокруг Петербурга и на Карельском перешейке. После войн и переселений XX века фамилия рассеялась, но сохранила свою узнаваемую «северную» окраску.

С точки зрения словообразования, Пукянес стоит особняком от типичных русских фамилий на -ин и -ов. Если бы её русифицировали, она могла бы звучать как Пуккин или Пукьянов. Но этого не произошло: фамилия осталась в исходной финно-угорской форме, лишь получив русское окончание -ес вместо финского -nen. Такая адаптация характерна для фамилий, которые записывали в метрические книги православные священники, не менявшие корень, но подгонявшие окончание под привычное звучание. Так что Пукянес — живое свидетельство культурного пограничья, где финский язык встретился с русской письменностью.