Фамилия Пукянец — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она западнорусская или украинская, на что указывает характерный суффикс -ец. В восточнославянской ономастике этот суффикс часто обозначал выходца из какой-либо местности или принадлежность к ней (ср. Донец, Могилевец). Однако в основе фамилии не географическое название, а личное прозвище.

Корень «пук» в славянских говорах имеет два основных значения. Первое — звукоподражательное, связанное с глухим хлопком, выстрелом или треском. Второе — диалектное, означающее «пучок», «связка» (например, пук соломы, пук волос). Прозвище Пук или Пукян могли дать человеку с густыми, торчащими волосами, либо тому, кто постоянно что-то связывал или носил в охапке. Также «пуком» в некоторых говорах называли удар кулаком — прозвище могло закрепиться за драчуном.

Суффикс -янец (в фамилии он стянулся в -янец) мог указывать на «сына Пука» или «человека из рода Пука». Форма Пукянец, а не Пукенец, может говорить о влиянии белорусской или польской фонетики, где «я» на месте этимологического «е» — явление распространённое.

Версия о происхождении от личного имени Пук (уменьшительного от Пукир, Пукач) менее вероятна, так как такие имена в святцах не встречались. Таким образом, фамилия Пукянец — это прозвищное образование, закрепившееся за потомками человека, которого в округе знали по внешней примете (чуб, борода) или по привычке. Сословного барьера у неё не было: с таким корнем фамилию могли получить и крестьяне, и мещане западных губерний Российской империи.