Фамилия Пулатахунов — одна из тех, где на стыке слышны сразу две языковые традиции. Её основа восходит к тюркскому или персидскому имени Пулат (варианты: Полат, Булат), которое в буквальном переводе означает «сталь». В ономастике это классический случай, когда имя-оберег или пожелание твёрдости характера перешло в фамилию. Но ключевая особенность здесь — второй корень: «ахун».

Ахун (или ахунд) — это почётный титул в исламской среде, особенно распространённый у тюркских народов и в Средней Азии. Так называли учёного богослова, судью по шариату или просто уважаемого грамотного человека, часто руководителя медресе. Таким образом, сложносоставное имя Пулатахун означает что-то вроде «стальной ахун» или «несгибаемый учёный» — не столько буквальное прозвище, сколько составное личное имя, характерное для узбекской, таджикской или уйгурской традиции именования.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Пулатахун добавили суффикс -ов, который в славянской среде указывает на принадлежность («сын Пулатахуна»). Такие гибридные фамилии — верный признак того, что предки носителя жили в регионах, где сталкивались тюрко-персидская культура и российское административное влияние, скорее всего в Туркестане, на территории современных Узбекистана, Таджикистана или Южного Казахстана. Фамилия фиксируется именно в этих краях и практически не встречается за их пределами.

В отличие от простых Булатовых или Пулатовых, где корень один, форма Пулатахунов сохранила в себе целую социальную характеристику предка: он был человеком книжным и уважаемым в своей общине. Это не ремесленная и не крестьянская фамилия, а скорее учёная или духовная. Других версий происхождения, кроме как от составного личного имени с титулом, у этой фамилии нет — прозвищная или географическая гипотезы здесь несостоятельны из-за очевидной семантики обоих компонентов.