Фамилия Пунадина — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает за собой неочевидную географию и редкую словообразовательную модель. На первый взгляд она кажется отчеством на -ин от имени или прозвища Пунада, но с этим корнем не всё так однозначно.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Пунада, связанное с диалектным словом «пунать» или «пунить» — в некоторых северных и сибирских говорах так говорили о человеке, который ворчит, брюзжит или говорит невнятно, себе под нос. В таком случае Пунада — это «ворчун» или «бормотун», и фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: прозвище + суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Пунады» или «человека из рода Пунады». Ударение, вероятно, падает на второй слог — Пуна́дина, что характерно для фамилий с таким суффиксом.

Однако есть и вторая, более редкая версия, которую стоит рассмотреть из-за нестандартного окончания. Форма Пунадина (а не Пунадин) может указывать на западнославянское или балтийское влияние. В польском, чешском или литовском языках суффикс -ина нередко оформляет фамилии по-другому: например, польские фамилии на -ина встречаются у шляхты. Если предок носителя фамилии происходил с западных территорий (современная Беларусь, Литва, Польша), то Пунадина могла быть адаптированной формой фамилии вроде Punadyn или Punadinas, где корень мог означать «пятка» (лит. pūnė) или быть связан с названием местности.

Географически фамилия чрезвычайно редка. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно на юге России и в центральных областях, что скорее говорит о миграции носителя, чем о массовом бытовании. Сословная принадлежность предков не восстанавливается по самой фамилии: -ин встречается и у крестьян, и у мещан, и у духовенства. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не дворянская (нет типичных дворянских суффиксов -ский/-ской), но и не однозначно крестьянская — прозвищные фамилии на -ин носили все слои, кроме высшей аристократии.

Таким образом, Пунадина — скорее всего, потомок ворчливого или неразборчиво говорящего человека из северных или центральных русских земель, но нельзя исключать и западнославянский след, который придаёт фамилии неожиданный оттенок.