Фамилия Пунагина — женская форма, а её мужской вариант — Пунагин. С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «дочь или жена Пунаги». А вот с основой «Пунаг-» начинаются вопросы, и тут есть несколько версий, ни одна из которых не лежит на поверхности.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или мирским именем Пунага. В основе лежит диалектное слово «пуна» — в некоторых говорах так называли пух, перо или мягкую подстилку. Человек с прозвищем Пунага мог быть пуховщиком, торговцем пером или просто обладателем мягкого, «пушистого» характера. Суффикс -аг- в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для северных и сибирских говоров, где мог образовывать экспрессивные имена от предметов быта. В этом случае фамилия Пунагин — редкий пример ономастической «северной» модели.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза: фамилия могла возникнуть от финно-угорской основы, ведь на Русском Севере и в Приуралье топонимы и прозвища нередко заимствовали элементы из коми или удмуртского языков. Слово «пун» в коми означает «голова», а «пуна» — «головной» или «вершина». В таком случае прозвище Пунага могло относиться к человеку, жившему у истока реки или на возвышенности. Однако эта версия требует подтверждения конкретными архивными записями, а пока остаётся лишь предположением.

Третья, совсем редкая возможность — связь с диалектным глаголом «пунать» (в некоторых говорах — «толкать, пихать»), но такая основа не даёт устойчивого прозвища, и вряд ли она легла в фамилию.

Фамилия Пунагин не относится к массовым: она практически не встречается в центральных областях России, но фиксируется в единичных случаях в Архангельской, Вологодской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает версию о северном или уральском происхождении. Сословно предки Пунагиных скорее всего были крестьянами или ремесленниками — люди с такой фамилией не числились в дворянских родословных книгах.

Если вы носите фамилию Пунагина, то с высокой вероятностью ваши предки жили на севере или северо-востоке Европейской России, а их прозвище могло быть связано либо с мягким товаром (пухом, пером), либо с особенностью местности.