Фамилия Пунагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется образованной по стандартной модели: основа плюс суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Пунаги). Но что скрывается в корне «Пунаг» — вопрос, требующий разбора.

Самый вероятный источник — прозвище или мирское имя Пунага. В русских говорах слово «пуна» или «пуня» означало хозяйственную постройку, сарай, а иногда и клеть для сена. В архангельских и вологодских диалектах «пуней» называли бедную, неустроенную избу или временное жильё. Человек по прозвищу Пунага мог получить его за неопрятность, бедность или, наоборот, за то, что жил в отдалённой пуне. Суффикс -аг- в прозвищах встречается нечасто, но он характерен для северных и сибирских говоров (сравните: Верзила, Гуляга). То есть Пунага — это «житель пуни», с оттенком пренебрежения или иронии.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия — связь с личным именем. В старых святцах встречается редкое каноническое имя Пуна, которое могло быть сокращением от Пуникий (греческое происхождение, от «финикиец»). В таком случае Пунагин — отчество от уменьшительной формы Пунага, что роднит фамилию с Пуниным, Пунаевым. Однако эта гипотеза слабее: имя Пуна не было популярным на Руси, и фамилия Пунагин почти не встречается в церковных записях центральных губерний, где такие имена фиксировались бы чаще.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку России. В переписях XIX века Пунагины изредка попадаются в Вологодской и Вятской губерниях — как раз в зоне бытования диалектного слова «пуня». Это косвенно подтверждает первую, прозвищную версию. В центральных и южных областях фамилия практически не встречается, что делает её локальной и редкой.

Итак, предок современных Пунагиных, скорее всего, жил в северной деревне, заслужил прозвище Пунага — возможно, за то, что держал скот в плохом сарае или сам обитал в тесной клети. Фамилия закрепилась за его потомками, и сегодня она — один из немногих языковых следов тех мест и тех бытовых реалий, которые почти исчезли из языка.