Пунгин – русифицированная эстонская фамилия Пунга. Она, в свою очередь, происходит от прозвища Пунга, которое восходит к эстонскому слову pung – «кошелек, почка» или punga – «почечный». Возможно, так называли богатого человека. Однако это прозвище могло указывать и на внешние особенности: например, полноту. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пунга, со временем получил фамилию Пунгин.