Фамилия Пунин — классический пример того, как на Руси хозяйственная постройка превращалась в родовое имя. В её основе лежит прозвище Пуня, которое образовано от нарицательного «пуня». Так в разных регионах называли сарай для хранения мякины и сена, а также клеть или кладовку для хозяйственных нужд. Слово живое, диалектное, и именно из таких бытовых словечек чаще всего и вырастали устойчивые семейные прозвания.

Модель образования здесь простая и распространённая: к основе прозвища добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Пуня → Пунин, то есть «сын, потомок, человек из рода Пуни». Такой же принцип мы видим в фамилиях Сараев, Печкин, Чердаков — названия частей дома и дворовых построек на Руси легко становились основами прозвищ. Сарай — Сараев, чердак — Чердаков, печка — Печкин. Пунин стоит в этом же ряду, и это не случайность: крестьянский быт был тесно связан с хозяйственными строениями, и человек нередко получал имя по тому месту, где проводил много времени.

Почему конкретного человека могли прозвать Пуней? Тут две правдоподобные версии, и они не противоречат друг другу. Первая — профессиональная: прозвище могло закрепиться за крестьянином, чья работа была связана с сараем — например, он хранил там сено, молотил зерно или следил за хозяйственным инвентарём. Вторая версия — бытовая. В летнее время пуни часто использовали не только как склад, но и как место для отдыха: там обычно спал хозяин, спасаясь от духоты в избе. Поэтому вполне вероятно, что Пуню дали человеку, который любил подолгу отдыхать в такой прохладной пристройке. Какая из версий точнее, сейчас уже не установить, но обе они укладываются в логику народных прозвищ.

Фамилия не была привязана к какому-то одному региону. Разброс по документам XX века это хорошо показывает. В Книге памяти Костромской области записан Григорий Михайлович Пунин, родившийся в 1902 году в деревне Ушаково Октябрьского района. В Книге памяти Брянской области есть Иван Александрович Пунин (1893 года рождения) из деревни Щегловка Навлинского района. А в Книге памяти Мурманской области упомянут Мартын Александрович Пунин (1879 года рождения) из деревни Апаши Комарического района Западной области. Такая география говорит о том, что слово «пуня» было широко распространено в северных и центральных говорах, а фамилия на его основе встречалась по всей средней полосе.

Из известных носителей в первую очередь вспоминается Николай Николаевич Пунин (1888—1953) — историк искусства и художественный критик, заметная фигура в русском авангарде. Он был не только теоретиком, но и мужем Анны Ахматовой, что добавляет фамилии культурного веса. Впрочем, для большинства носителей фамилии связь с искусством — лишь случайное совпадение: их предки, скорее всего, были обычными крестьянами, получившими прозвище по месту своего труда или отдыха.