Фамилия Пунинский начинается не с имени и не с ремесла, а с хозяйственной постройки. В её основе лежит прозвище Пуня, которое в старых говорах означало «сарай для хранения мякины и сена», а также «кладовку или клеть для хозяйственных надобностей». Человек, получивший такое прозвище, по всей видимости, был крестьянином, чья жизнь проходила при этих постройках: он либо постоянно возился с сеном и мякиной, либо сторожил добро в клети. Это не обидное и не случайное прозвище, а точная социальная метка, указывающая на род занятий и место человека в деревенском быту.

Слово «пуня» — древнее и широко распространённое в северных и центральных русских говорах. Оно родственно глаголу «пунить» — «надувать», «вздымать», что наводит на мысль о сарае, наполненном рыхлым, взбитым сеном. В некоторых диалектах пуней называли не только сарай, но и вообще тесное, тёмное помещение, что добавляет прозвищу ещё один оттенок — возможно, так могли назвать замкнутого или нелюдимого человека, который словно прятался в своей клети.

Модель образования фамилии — суффикс -ский, который в русской ономастике обычно указывает на географическую или сословную принадлежность. Но в данном случае он работает иначе: он превращает простое крестьянское прозвище в фамилию, звучащую почти по-дворянски. Это довольно редкий случай, когда суффикс, типичный для княжеских и шляхетских родов, прикрепляется к прозвищу, связанному с крестьянским инвентарём и хозяйством. Возможно, предок Пунинских был не простым батраком, а зажиточным хозяином, владельцем большого сарая, или же фамилию оформили позже, когда суффикс -ский уже перестал быть исключительно аристократическим.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее увидеть картину. Простые формы вроде Пунин или Пуничев встречаются чаще и прямо наследуют прозвище без изменений. Пунинский же — это более поздняя, «облагороженная» версия, которая могла возникнуть, когда потомки захотели придать фамилии более солидное звучание. Такой переход от прозвища к фамилии с книжным суффиксом — живая иллюстрация того, как крестьянская родословная обрастала новыми смыслами.

Точной даты возникновения фамилии назвать нельзя, но по модели образования её можно отнести к периоду, когда в XVII–XIX веках крестьяне и мещане массово получали фамилии, нередко по прозвищам отцов. Прозвище Пуня, скорее всего, было не единственным в роду — в деревнях таких людей звали по-разному, но закрепилось именно это, самое наглядное, связанное с местом, где предок проводил большую часть дня. Потомок человека, которого окрестили Пуней, со временем и стал Пунинским, сохранив в фамилии память о сарае, сене и нелёгкой, но честной крестьянской работе.