Фамилия Пуненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означавший «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал главным маркером украинской фамильной системы, особенно на Левобережье и Слобожанщине. Пуненко, таким образом, — это «сын Пуни» или «маленький Пуня».

Основа фамилии — прозвище Пуня. Его происхождение неочевидно, и здесь стоит остановиться на двух основных версиях. Первая и самая вероятная: Пуня — это диалектный вариант слова «пуня» (или «пуня»), которое в юго-западных говорах (белорусских, украинских, польских) означало «сарай», «сеновал», «клеть для сена». В этом случае прозвище мог получить либо крестьянин, живший при таком строении, либо человек, который работал с сеном, либо даже владелец большого хозяйства с амбарами. Связь с хозяйственной постройкой — одна из самых частых основ для прозвищ в аграрной среде.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная: Пуня — это уменьшительная форма от канонического имени Пудик (от латинского Pudens — «стыдливый») или от редкого имени Пуплий (вариант Публия). В быту такие имена часто усекались до первого слога или слога с суффиксом. Однако, учитывая, что имя Пудик само по себе было редким, а Пуплий — почти не встречалось в крестьянской среде, версия с «сараем» выглядит предпочтительнее.

Фамилия Пуненко имеет чёткую региональную привязку. По данным современных исследований, она наиболее характерна для центральных и северных областей Украины — Черниговской, Сумской, Полтавской, а также встречается в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). Это совпадает с зоной активного бытования фамилий на -енко, которые после Переяславской рады 1654 года стали активно фиксироваться в казачьих реестрах и метрических книгах.

Интересно, что фамилия Пуненко не имеет однозначного «дворянского» или «казачьего» статуса. Она могла принадлежать как казаку (особенно если прозвище Пуня относилось к хозяину сеновала), так и крестьянину или мещанину. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на шляхетское происхождение, Пуненко — фамилия демократичная, бытовая, без сословного оттенка. Её носители, скорее всего, были людьми, чьё прозвище закрепилось за ними в быту, а потом перешло к детям.

С точки зрения этимологии, фамилия Пуненко стоит в одном ряду с такими же «хозяйственными» украинскими фамилиями, как Клуненко (от «клуня» — рига), Сараенко (от «сарай»), Хлевенко (от «хлев»). Это не делает её уникальной, но подчёркивает её типичность для аграрной среды Южной Руси. Если искать редкий угол, то можно отметить, что в некоторых говорах «пуня» могла означать не просто сарай, а именно отдельно стоящую постройку для хранения сена, часто плетёную из лозы, что добавляет прозвищу бытовую конкретику.