Фамилия Пункин — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс подсказывает больше, чем корень. Модель образования здесь классическая русская: суффикс -ин, который в древности означал принадлежность «чей?» — то есть Пункин буквально «сын Пунки» или «человек из дома Пунки». Но вот что скрывается за прозвищем Пунка — вопрос, на который нет одного ответа.

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «пунка». В северных и сибирских говорах так называли небольшой стожок сена или соломы, а также особую укладку снопов. Прозвище Пунка мог получить крестьянин, который занимался уборкой сена, либо человек коренастый, приземистый — по ассоциации с формой стога. Эта версия выглядит правдоподобно, потому что прозвища по роду занятий или внешности — самый частый источник русских фамилий, а суффикс -ин именно для таких основ типичен.

Вторая версия — звукоподражательная. В некоторых говорах «пункать» означало «бормотать», «говорить невнятно» или «ворчать». Пункой могли прозвать молчуна или, наоборот, человека с неразборчивой речью. Эта гипотеза слабее: глагол редкий, и в письменных источниках XVII–XVIII веков следов такого прозвища почти нет.

Иногда фамилию Пункин пытаются связать с польским или украинским «пунк» — точка, пятно. Но суффикс -ин для западнославянских фамилий нетипичен, а в русской среде такое заимствование маловероятно. Если бы фамилия была Пунков — другое дело, там основа могла быть от «пунка» как от «пупка» (диалектное произношение), но форма с -ин указывает на прозвище, оканчивающееся на -а.

Географически фамилия редкая и разбросанная. Встречается в центральных областях России и на Урале, но без выраженного гнезда. Это говорит о том, что фамилия возникла в разных местах независимо: в каждом селе мог быть свой Пунка — по сену, по бормотанию или по какой-то местной примете. Сословного барьера у фамилии не было: с равной вероятностью Пункиными могли быть и крестьяне, и мещане.

В итоге: Пункин — прозвищная фамилия, образованная через суффикс -ин от личного или профессионального прозвища Пунка. Самый вероятный предок — крестьянин, либо занятый на сенокосе, либо получивший уличное имя за манеру говорить. Точнее сказать трудно: слишком мало письменных свидетельств, а сама фамилия осталась на периферии ономастики.